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À mesure que les rivières se réchauffent en raison des changements climatiques, il devient de plus en plus difficile pour des espèces aquatiques sensibles à la température, comme le saumon et la truite, de survivre. Ces animaux dépendent des refuges d’eau froide (REF) — des zones plus fraîches dans les cours d’eau qui leur offrent un répit face à la chaleur croissante. Toutefois, les efforts actuels pour protéger ou créer ces refuges sont souvent dispersés et manquent de coordination.
Pour répondre à ce problème, des chercheur·e·s ont rassemblé des expert·e·s, des spécialistes de la conservation et des parties prenantes locales lors d’un atelier visant à développer un ensemble de pratiques exemplaires pour l’amélioration des REF. Ils ont créé un cadre étape par étape pour orienter les futurs projets, notamment sur les types de refuges les plus efficaces et les meilleurs endroits pour les mettre en place. Des études de cas provenant de différentes régions ont également été partagées, illustrant les approches qui fonctionnent bien et les défis à relever.
L’étude souligne le besoin d’outils et de technologies plus performants — comme les drones et l’imagerie thermique — pour mieux comprendre comment et quand les poissons utilisent ces zones plus fraîches. Elle insiste aussi sur l’importance d’adopter une approche à l’échelle du bassin versant, plutôt que de se concentrer uniquement sur des sites isolés. L’objectif est d’aider les communautés et les professionnel·le·s de la conservation à collaborer plus efficacement pour protéger les écosystèmes d’eau douce dans un climat en réchauffement.

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/rra.4462

Le stockage dynamique des aquifères contribue au débit de base des cours d’eau, en particulier pendant les périodes sèches lorsque le ruissellement de surface est minimal. Cette étude définit la résilience du débit de base comme la capacité d’un cours d’eau à maintenir un débit stable et une bonne qualité de l’eau malgré les extrêmes climatiques et les impacts humains tels que les prélèvements d’eau et les changements d’utilisation des sols. Les caractéristiques des bassins versants peuvent influencer la résilience de manière complexe – par exemple, une géologie perméable peut améliorer la connectivité entre les eaux souterraines et les cours d’eau, mais réduire le débit pendant les sécheresses. Les eaux souterraines peu profondes réagissent rapidement au stress, tandis que les sources plus profondes retardent les effets et peuvent entraîner une contamination à long terme. L’étude examine également la manière dont l’irrigation affecte le débit de base et résume les principaux facteurs hydrogéologiques et facteurs de stress, ainsi que les paramètres permettant d’évaluer la résilience du débit de base, à l’aide d’exemples tirés du bassin de la rivière Delaware.

Les poissons des rivières sont confrontés à des défis majeurs tels que la perte d’habitat et le changement climatique, qui ont un impact sur la productivité de leurs écosystèmes. Si des facteurs tels que la température de l’eau sont souvent étudiés, la distribution et la disponibilité de la nourriture – essentielles à la croissance et à la survie des poissons – restent moins bien comprises. Ce document développe le concept de « paysage alimentaire », en se concentrant sur trois aspects de la nourriture : l’abondance, l’accessibilité et la qualité. Il aborde les raisons pour lesquelles la disponibilité de la nourriture est difficile à estimer, les conséquences de l’incertitude et les nouvelles méthodes pour mieux la mesurer. Les auteurs soulignent le rôle essentiel de la nourriture dans la conservation des poissons, en particulier lorsque les eaux se réchauffent.

Cette étude a examiné comment la chirurgie et le temps de récupération après le marquage acoustique affectent la survie et la migration des saumons atlantiques sauvages dans les eaux douces, estuariennes et marines. Quatre groupes de traitement ont été comparés pour évaluer l’impact des conditions d’écloserie et du temps de récupération après le marquage. Les résultats ont montré que des temps de récupération courts et la captivité en écloserie réduisaient la survie, en particulier dans les 5 premiers jours ou 48 km après la libération, avec des effets persistants pendant la transition vers l’eau salée. Les poissons d’écloserie ont migré plus rapidement, probablement en raison de leur plus grande taille, mais ont tout de même connu une survie réduite. Ces résultats soulignent l’importance de quantifier les effets liés au marquage dans la nature, car de tels biais peuvent influencer les conclusions sur le comportement et la survie des poissons naturels.

Le stade post-smolt est une période critique pour le saumon atlantique, d’où l’importance d’identifier ses voies de migration afin de protéger les habitats clés. Cette étude a utilisé un modèle biophysique, couplé à un modèle de circulation de l’eau (FVCOM), pour simuler la dispersion des post-smolts dans la baie de Passamaquoddy, au Nouveau-Brunswick. En testant neuf comportements et six vitesses de nage par rapport aux données de télémétrie acoustique, l’étude a révélé que certains comportements – comme la nage vers le sud-ouest ou la rhéotaxie variable en fonction des marées – correspondaient bien aux itinéraires observés, tandis que d’autres (par exemple, la dérive passive, l’orientation en fonction de la salinité ou de la température) étaient peu probables. Cette approche est prometteuse pour prédire les habitats essentiels et les voies de migration des post-smolts sauvages.

La survie en mer est un défi majeur pour la conservation et la pêche du saumon atlantique. Un atelier tenu à Halifax en décembre 2017 a réuni des chercheurs pour examiner les efforts de télémétrie actuels et développer une vision coordonnée de l’étude des populations de saumons nord-américains en mer. S’appuyant sur l’initiative SALSEA-Track de l’OCSAN, les participants ont discuté de la manière dont les technologies émergentes et les approches intégrées peuvent améliorer la compréhension de l’utilisation de l’habitat océanique, du calendrier et des itinéraires de migration. Bien que les études à grande échelle sur la survie en haute mer restent difficiles, les progrès de la télémétrie acoustique et satellitaire, ainsi que les nouvelles technologies, devraient permettre d’obtenir des informations plus détaillées et à plus long terme. Le présent rapport propose un cadre pour orienter les futures recherches en collaboration.

Cette étude a utilisé la télémétrie acoustique et la microchimie des otolithes pour examiner la migration des truites arc-en-ciel dans trois rivières de l’Île-du-Prince-Édouard. Seulement 6 % des poissons marqués ont quitté les baies côtières, mais beaucoup sont entrés dans des eaux salines ou des eaux de marée. L’utilisation de l’habitat varie d’une rivière à l’autre, les poissons de la rivière Montague utilisant davantage les zones estuariennes salines, tandis que d’autres restent dans les zones de marée ou d’eau douce, en particulier en été. Certaines truites sont restées entièrement en eau douce. Les migrants étaient souvent plus grands et plus susceptibles d’avoir des mères anadromes, bien que les mères d’eau douce aient également produit des migrants. Dans l’ensemble, la résidence partielle avec utilisation des marées était la stratégie dominante, avec des contingents marins et d’eau douce plus petits.

Les agents infectieux jouent un rôle clé dans l’écologie animale et la dynamique des populations hôtes, d’où l’importance de comprendre leur diversité et leur transmission chez les espèces sauvages comme le saumon atlantique. Cette étude a utilisé la qPCR à haut débit et le séquençage du génome pour examiner les agents infectieux chez les saumons subadultes en mer et les adultes dans trois rivières de l’est du Canada avec une exposition variable à l’aquaculture. Quatorze agents ont été identifiés, dont cinq n’avaient jamais été signalés dans l’est du Canada. Alors que l’analyse phylogénétique de l’orthoreovirus de la piscine suggère une transmission intercontinentale, aucun lien n’a été trouvé entre l’aquaculture et l’infection chez les adultes sauvages. Les infections varient en fonction de l’environnement, du stade de vie et de l’origine, ce qui met en évidence les domaines dans lesquels les recherches doivent être poursuivies.

La télémétrie acoustique est largement utilisée pour suivre la survie des poissons, mais la perte de l’émetteur peut conduire à une sous-estimation des taux de survie. Cette étude a mesuré la rétention et la mortalité des saumons atlantiques d’écloserie marqués avec des émetteurs de différentes tailles pendant leur transition vers l’eau salée. La rétention était comprise entre 34 et 85 %, variant selon le type d’émetteur et le chirurgien. La plupart des expulsions ont eu lieu 25 à 65 jours après le marquage et étaient plus fréquentes lorsque les émetteurs dépassaient 7,5 % du poids du smolt. Seuls les émetteurs représentant plus de 12 % du poids corporel augmentaient significativement la mortalité. Pour éviter de fausser les estimations de survie, il est essentiel de tenir compte de l’expulsion, qui dépend de la taille de l’émetteur, de son stade de vie et de la durée de l’étude.

La télémétrie acoustique permet de suivre la migration et la survie des poissons, mais la prédation peut entraîner des biais si les balises restent actives à l’intérieur des prédateurs. Cette étude a testé de nouvelles balises de détection des prédateurs qui signalent l’ingestion en détectant les changements de pH dans l’intestin du prédateur. Lors du premier essai sur le terrain avec des saumoneaux de l’Atlantique migrant à travers des zones d’eau douce et estuariennes, les chercheurs ont constaté que l’utilisation de ces étiquettes permettait d’identifier et de réduire le biais de prédation dans les estimations de survie et de chronologie.

L’estimation de la mortalité dans l’océan est difficile, mais l’utilisation de marques satellites pop-up sur 156 saumons atlantiques adultes provenant de 12 rivières a révélé 14% de prédation et 24% de mortalité indéterminée. La plupart des prédateurs sont des poissons endothermiques, en particulier dans le golfe du Saint-Laurent et près du plateau irlandais. Les mammifères marins et les grands poissons ectothermes étaient des prédateurs moins fréquents. Les taux de mortalité étaient les plus élevés pour les saumons du Canada, d’Irlande et d’Espagne, ce qui suggère qu’une faible survie en mer peut contribuer aux déclins importants observés dans les populations méridionales.